Het systeem van een wortelzonezuivering wordt meestal na een eerder systeem van zuivering geschakeld (bv. biorotor). In dat systeem stroomt het afvalwater horizontaal door de bodem (bij IBA’s meestel lavastenen) en langs de ondergrondse plantendelen.
De rol van helofyten bestaat ook hier weer uit de inbreng van zuurstof en het garanderen van een betere doorlaatbaarheid.
Het wortelzoneveld
- aanvoer (breeksteen)
- ondoorlatend membraan
- bodem of grind
- uitlaat
De zuiverende werking gebeurt door micro-organismen op de bodem (bij IBA’s meestal lavastenen) en de plantenwortels. Het water moet daarbij wel uniform verdeeld worden over de hele breedte van het zuiveringsbed. Daarom wordt vooraan het systeem een strook met grovere stenen voorzien om een goede zijdelingse verdeling te realiseren over de hele breedte van het wortelzoneveld.